近日，中国农业科学院蔬菜花草研究所葫芦科蔬菜遗传育种立异团队在黄瓜基因组学方面获得主要进展，初次完成接近完全的黄瓜参考基因组组装和基因注释，搭建了第一个黄瓜多组学综合数据库。相干研究功效颁发在《份子植物（Molecular Plant）》（IF5 year = 21.4）上。

黄瓜（Cucumis sativus L.）是葫芦科（Cucurbitaceae）的主要经济蔬菜作物。黄瓜基因组中有近30 %的区域是由45s rDNA和微卫星等复杂反复序列构成的，这个比例远高在水稻、玉米和西瓜等作物（ 5%），而且受那时测序手艺和组装方式的限制，今朝普遍利用的华北密刺型（‘ChineseLong’）黄瓜自交系‘9930’参考基因组（CLv3.0版本）依然有年夜量未知序列（~130 Mb）和72个缺口；与此同时，这些反复序列也严重影响基因注释的正确度，黄瓜参考基因组质量亟待提高。

CLv4.0和CLv3.0基因组序列比力

为此，该研究初次采取ONT+HiFi+HiC的策略，取得了仅剩1个缺口的黄瓜参考基因组近完成图（CLv4.0）；基在年夜范围三代全长和二代转录组开博体育数据，构建了接近完全的黄瓜参考转录本数据集（CsRTD1），BUSCO值达99.19%；整合泛基因组、群体变异组、转录组和焦点种质材料信息，搭建了第一个黄瓜多组学数据库Cucumber-DB（http://www.cucumberdb.com/），可为黄瓜功能基因组学和份子育种研究供给周全的同享平台。

黄瓜参考转录本数据集构建和评估

黄瓜多组学数据库Cucumber-DB介绍

该研究获得蔬菜生物育种全国重点尝试室、国度重点研发打算、中国农业科学院科技立异工程项目和国度现代农业财产手艺系统等项目标帮助。

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